Die Bundesanstalt handelt nach den Grundsätzen der Wirtschaftlichkeit und Sparsamkeit entsprechend § 7 der Bundeshaushaltsordnung. Hinsichtlich der nach § 2 Abs. 2 und 3 übertragenen Grundstücke bleiben die §§ 63 und 64 der Bundeshaushaltsordnung unberührt.

Das Bundesministerium der Finanzen sowie andere Bundesministerien, die der Bundesanstalt Aufgaben übertragen, können die Bundesanstalt ermächtigen, Teile des Bundeshaushaltes zu bewirtschaften. Insoweit gelten die Vorschriften der Bundeshaushaltsordnung einschließlich der dazu ergangenen Verwaltungsvorschriften in der jeweils geltenden Fassung.