Die Bundesanstalt untersteht der Rechtsaufsicht des Bundesministeriums der Finanzen.

Soweit die Bundesanstalt Aufgaben aus dem Geschäftsbereich eines anderen Bundesministeriums erledigt, übt dieses die Rechtsaufsicht aus. Anordnungen mit wesentlichen finanziellen oder organisatorischen Auswirkungen auf die Bundesanstalt ergehen im Einvernehmen mit dem Bundesministerium der Finanzen.