Zuständige Behörde im Sinne dieser Verordnung ist das Umweltbundesamt. Die Zuständigkeit der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung für die Sicherstellung der Einhaltung der Anforderungen für Biokraftstoffe nach den §§ 12 und 13 bleibt davon unberührt.

Die Rechts- und Fachaufsicht über das Umweltbundesamt obliegt dem Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz. Rechts- und Fachfragen von grundsätzlicher Bedeutung werden vom Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz und, soweit fachlich geboten, nachdem das Einvernehmen mit dem Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft hergestellt wurde, mit dem Bundesministerium der Finanzen abgestimmt.