Die Mittel des Binnenschifffahrtsfonds dürfen nur nach Maßgabe der Artikel 3 Abs. 5, Artikel 6 und 8 der Verordnung (EG) Nr. 718/1999 verwendet werden.

Zinserträge nach § 4 Abs. 2 dürfen nach Maßgabe von Richtlinien des Bundesministeriums für Verkehr und digitale Infrastruktur zugunsten der deutschen Binnenschifffahrtsunternehmen anderweitig verwendet werden. Vor Erlass der Richtlinie werden die überregionalen Binnenschifffahrtsverbände angehört.