Die Einnahmen und Ausgaben des Entschädigungsfonds werden für jedes Rechnungsjahr in einem Wirtschaftsplan veranschlagt. Der Wirtschaftsplan ist in Einnahmen und Ausgaben auszugleichen.

Das Bundesministerium der Finanzen stellt am Schluss eines jeden Rechnungsjahres die Jahresrechnung für den Entschädigungsfonds auf und fügt sie als Anhang der Haushaltsrechnung des Bundes bei. Die Jahresrechnung muss in übersichtlicher Weise den Bestand des Sondervermögens einschließlich der Forderungen und Verbindlichkeiten erkennen lassen sowie die Einnahmen und Ausgaben nachweisen.

Auf die Verpflichtung des Entschädigungsfonds, Abgaben an den Bund, die Länder, die Gemeinden (Gemeindeverbände) und Körperschaften des öffentlichen Rechts zu entrichten, finden die allgemein für Bundesbehörden geltenden Vorschriften Anwendung.

Die Kosten für die Verwaltung des Entschädigungsfonds trägt der Bund.