Die für Steuervergütungen geltenden Vorschriften der Abgabenordnung sind entsprechend anzuwenden. Dies gilt nicht für § 163 der Abgabenordnung. In öffentlich-rechtlichen Streitigkeiten über die aufgrund dieses Gesetzes ergehenden Verwaltungsakte der Finanzbehörden ist der Finanzrechtsweg gegeben.

Die Investitionszulage ist nach Ablauf des Wirtschaftsjahrs festzusetzen und innerhalb von 3 Monaten nach Bekanntgabe des Bescheids aus den Einnahmen an Einkommensteuer oder Körperschaftsteuer auszuzahlen. Die Investitionszulage für Investitionen, die zu einem Investitionsvorhaben gehören, das die Anmeldungsvoraussetzungen gemäß dem multisektoralen Regionalbeihilferahmen für große Investitionsvorhaben (ABl. EG 1998 Nr. C 107 S. 7) erfüllt, ist erst festzusetzen, wenn die Europäische Kommission die höchstzulässige Beihilfeintensität festgelegt hat.