Zuständige Behörde im Sinne dieses Gesetzes und des Artikels 6 Absatz 1 der Verordnung (EU) Nr. 511/2014 ist das Bundesamt für Naturschutz. Es ist insbesondere für den Vollzug des Artikels 5 Absatz 2 und 4, der Artikel 7, 9 Absatz 1, 3, 4 und 6, der Artikel 10 und 12 der Verordnung (EU) Nr. 511/2014 sowie für den Vollzug der auf Grund der Verordnung (EU) Nr. 511/2014 erlassenen Durchführungsrechtsakte zuständig. Es ist zugleich zuständige nationale Behörde im Sinne von Artikel 13 Absatz 2 des Nagoya-Protokolls vom (BGBl. 2015 II S. 1481, 1483). Es ist weiterhin zuständig für die Verwertung der nach § 2 Absatz 3 eingezogenen genetischen Ressourcen.
Festlegungen zur Gestaltung des Vollzugs in Bezug auf genetische Ressourcen für Ernährung und Landwirtschaft und dazugehörige Entscheidungen trifft die zuständige Behörde im Einvernehmen mit der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung. Einzelheiten des Verfahrens zur Herstellung des Einvernehmens und, soweit erforderlich, der sonstigen Zusammenarbeit der Behörden sind durch Verwaltungsvereinbarung zu regeln.
Festlegungen zur Gestaltung des Vollzugs in Bezug auf Humanpathogene als genetische Ressource und dazugehörige Entscheidungen trifft die zuständige Behörde im Einvernehmen mit dem Robert Koch-Institut. Einzelheiten des Verfahrens zur Herstellung des Einvernehmens und, soweit erforderlich, der sonstigen Zusammenarbeit der Behörden sind durch Verwaltungsvereinbarung zu regeln.
Nationale Anlaufstelle gemäß Artikel 13 Absatz 1 des Nagoya-Protokolls ist das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit. Es ist insbesondere zuständig für die Berichtspflicht nach Artikel 16 der Verordnung (EU) Nr. 511/2014.