Seeschiffsregister und Binnenschiffsregister werden getrennt geführt.

In das Seeschiffsregister werden die Kauffahrteischiffe und andere zur Seefahrt bestimmten Schiffe (Seeschiffe) eingetragen, die nach § 1 oder § 2 des Flaggenrechtsgesetzes die Bundesflagge zu führen haben oder führen dürfen.

In das Binnenschiffsregister werden die zur Schiffahrt auf Flüssen und sonstigen Binnengewässern bestimmten Schiffe (Binnenschiffe) eingetragen.
Eingetragen werden können

1.

Schiffe, die zur Beförderung von Gütern bestimmt sind, wenn ihre größte Tragfähigkeit mindestens 10 Tonnen beträgt,

2.

Schiffe, die nicht zur Beförderung von Gütern bestimmt sind, wenn ihre Wasserverdrängung bei größter Eintauchung mindestens 5 Kubikmeter beträgt, sowie

3.

Schlepper, Tankschiffe und Schubboote.