Das Bundesinstitut untersteht der Aufsicht des Bundesministeriums, die sich in den Fällen des § 2 Abs. 1 Nr. 12 und Abs. 3 auf die Rechtsaufsicht beschränkt. Soweit das Bundesinstitut Aufgaben aus einem anderen Geschäftsbereich als dem des Bundesministeriums wahrnimmt, untersteht es den fachlichen Weisungen der sachlich zuständigen obersten Bundesbehörde.